La CFCIM est gérée par un Conseil d'Administration composé de 52 chefs d'entreprise élus pour six ans par les adhérents et issus des secteurs du commerce, de l'industrie et des services.

Sur la base des orientations stratégiques définies par le Bureau et du Budget voté par le Conseil d’Administration, le fonctionnement de la CFCIM et la gestion de son personnel relèvent exclusivement du Directeur Général qui en est responsable devant le Bureau et le Conseil d’Administration.

La CFCIM s'adjoint avec profit le concours de membres qualifiés, appelés membres correspondants, qui sont des personnalités choisies en fonction de leur qualité.

Composés d'adhérents, d'administrateurs, de membres correspondants et de collaborateurs, les Commissions et les Comités ont un rôle consultatif et réalisent pour le Bureau, un travail d'étude et de centralisation des informations.